大曲和小曲酒的本质区别就在于原料的不同：
大曲酒是以大麦、小麦或豌豆为原料，经菌种培养制成。用大曲酿造的酒，香气突出，味道醇厚，但生产用量大，粮食消耗多，酿造周期长，出酒率低，成本高，价格高；
小曲：以大米粉和米糠为原料，以隔年的小曲为菌种，经自然发酵而成。一般用于米香型酒的酿造，香气、口味较淡薄，不如大曲酒香味浓厚，但用小曲酿造，用曲量小，出酒率高，成本较低，酱、浓、清香为大曲酒，米香为小曲酒，兼香大小曲都用。